四十一年（四十七歲）來臺灣，住在善導寺。不能回去，又別無去處，南亭法師又事實上辭去了善導寺導師，我就在這樣的情形下長住下來。四十二年底的 漫天風雨，使我認識到問題的癥結：住在善導寺，我是永不會安寧的。可是，子 老雖為構成問題的要素，而問題的消散，也還是虧了他。在道義上，我還不能說 離去。四十三年冬天，演培主持的臺灣佛教講習會畢業了，有幾位想來福嚴精舍共住，所以我又增建了房屋。增建的是關房，關房外是小講堂，另外有臥室四間 。我是準備在可能的情況下，退出是非場，回精舍來與大家共同研究的，這是我 當時的心願。但四十四年從菲島回來，病就重了，足足的睡了半年。在我臥病的 時間，善導寺法務由演培維持。
四十四年底，子老在伍順行的宴會中，受到了心悟的嚴厲指責，說他將寺院 佔為己有，不肯交給出家人。在這麼多的人面前，應該是很難堪的。這還是老問題，善導寺的大殿莊嚴，地點適中，長老法師們，就是以經懺為佛事的，誰不想 藉此而一顯身手呢！子老覺得不能再這樣下去了，來與正在靜養中的我商量，要 我出來負住持的名義。我同情他的境遇，在可能的條件下答應了他。前提是：不 能有住持的名義，而一切還是老樣。因為這麼做，將來被人公開指責的，將不是 他而是我了。這就是，善導寺要改取一般寺院的規制。對寺務，舊有的積餘，仍 由護法會保管，移交一萬元就得。以後，經濟要量入為出，凡用之於寺院或佛教 的，護法會不宜顧問。經濟公開，賬目可由護法會派人（定期的）審核。護法會 不得介紹人來住，以免增多人事的煩累。子老都同意了，但還有更先決的條件： 我一直還在靜睡中，起來也未必就能躬親寺務，要有一得力的監院，平時代為處 理一切才成。沒有人，那我也只有無能為力了。
演培來了，他是那麼熱心的希望我接下來。要有一位能代我辦事的監院，要 演培回精舍去與大家商議，看看有沒有可能。他回來（似乎與悟一同來）答覆我 ，商定的辦法是：在三年任期內，由演培、續明、悟一──三人來輪流擔任，並推定悟一為第一年的監院。事情就這樣的決定了，四十五年（五十一歲）正月底 （國曆三月四日），舉行住持的晉山典禮。我是整整的睡了半年，從床上起來， 就被迎入善導寺的。身體虛浮而不實，幾乎晉山典禮也支持不下來（這是一直沒 有活動的關係）。那年秋季，又在南港肺結核療養院住了三個月。這才明白了： 病情就是這樣，身體能這樣也就很難得了，我不必再為病而費心。
悟一是香港鹿野苑的四當家，曾在淨業林管理庶務，有過一年多的共住時間 。由於淨業林共住，所以在鹿野苑紛擾而混亂的情況中，經續明的推介，我為他 辦理手續來臺的，來臺就住在福嚴精舍。從四十五年一直到我離開善導寺，悟一 始終是領導寺眾，早晚上殿，一起飲食，不辭勞苦。寺裏有了餘款，在取得我的 同意之下，就用來修飾房屋，添置必須的器具。總之，悟一年富力強，有事業心 ，在民國以來，以辦事僧為住持的原則下，這不能不說是難得的人才！
四十六年（五十二歲），我決定要往來於福嚴精舍及善導寺之間。精舍增建 以來，我沒有能與大家共住修學，身體好多了，不應該重提舊願嗎？但是，因緣是不由自己作主的。國曆三月四日，章嘉大師圓寂，善導寺忙了一星期。接著（ 國曆三月十三日起），善導寺啟建了七天的觀音法會。國曆五月七日，去泰國出 席佛元二千五百年的大慶典，便中訪問高棉，一直到國曆六月七日才回臺。半年 的時間，就這樣的溜走了，我能不為之而惆悵嗎？在泰國時，老學長道源讚歎我 的福報大──善導寺呀，福嚴精舍呀……。我微笑說：「慢慢的看吧」！我對善 導寺及出席國際會議，全無興趣；加上了兩種因緣，我定下了離開善導寺的決心 。我覺得，那時離開使我不得寧靜的善導寺，我內心可以對得住子老了！
那兩點因緣呢？
一、四十四年冬天（我在病中），日本倉持秀峰等，護送玄奘大師的舍利來 台；子老就與倉持等有了聯繫，要送演培去日本，進行演培去日本的手續。子老 曾不止一次的說：希望能得到當局的支持，派四、五位青年法師去日本。做什麼 ？當然是聯繫日本佛教界，反對共產了。為了反共復國，這當然是對的。然子老 忠黨勝於為教，如派圓明去日本，圓明離佛教而為黨服務，他覺得也是很好的，從不曾為佛教的人才損失而可惜。純為佛教而努力，子老也許覺得並不理想。他 從不曾真正的為佛教著想，佛教的青年法師，到底還有多少人呢！林競不失為忠 厚的護法長老者！他在無法推行中佛會會務而辭去祕書長時，曾慨歎為：「中佛會 會務的困離，是將中佛會的任務，（不是佛教）看作政治的一環」。他說：「這 不是那一位，在子寬主持的時代，就是這樣了」。子老為演培進行手續，在我去 泰國時，已大體就緒。然子老與演培，都不肯向我透露，生怕我會破壞了似的。 既然這樣的祕密進行，我偶然聽到多少，當然也不好意思問了。子老是希望我為 他維持善導寺的；而經常幫助我推行法務，相隨十八年的演培，子老卻要暗暗的 送他去日本，我還能說什麼呢！我從泰國回來，演培才向我說明，希望能給予經 濟上的支持。我說：「這是義不容辭的，絕對支持。不過，希望以講學名義去日 本，要有講學的事實而回來」。
二、悟一是江蘇泰縣人。南亭法師是泰縣首剎光孝寺的住持；悟一曾在光孝 寺讀書，是離光孝寺不遠的一所小廟的沙彌。大寺與小廟，地位懸殊，所以過去的關係平平。悟一到了臺灣，除與同戒又同學的新北投妙然，有良好的友誼往來 外，平靜的在精舍住了兩年。自從到了臺北，表現出沈著與精明。現在是善導寺 監院，各方也就觀感一新了。四十五年那一年，章嘉大師呈請中央，成立了中國 佛教整理委員會，以南亭、東初為召集人。這一中國佛教的動態，暗示著派系的 對立。當時，有「蘇北人大團結」的醞釀。演培是蘇北高郵人，也曾為「蘇北人 大團結」而團團轉。從大陸來臺的法師，蘇北人占多數。上有三老：證蓮老（天 寧寺老和尚）、太滄老（金山和尚）、智光老（焦山老和尚，南亭法師的剃度師 ），三老是不大顧問世俗事的。三老下有二老，就是被尊稱為「南老」的南亭法 師，「東老」的東初法師了。長老是領導者，青年法師的團結，表現為『今日佛 教』的創刊（這是四十六年的事）。『今日佛教』有八位（？）社委，地位一律 平等，以表示團結，這是以悟一為主力而開始推動的。我從南港療養院回來，慢 慢的知道了這些。這一地方性的團結，與中佛會的整理委員會相呼應。
悟一是沈著精明而有事業心的。從小出家，如老是依附平淡的，重學的，主張不與人（作權力之）爭的我，雖然出家不是為了打天下，但到底是會埋沒了他 的才能的。自從到了臺北善導寺，在「蘇北大團結」中，傾向於蘇北的集團利益 （當然是為了自己著想）。對我與精舍，看來表面上還是一樣，但我是深深的感 覺到了。當時，為了整理中佛會，為了入黨，子老、悟一、演培，正打得火熱。 我應該怎樣呢！常住在善導寺，以法來約束一切，是可能的。要悟一履行諾言， 一年到了回精舍去，也是不難的。想到了我的出家，我的來臺灣，難道就是為了 善導寺而陷於不可解脫的纏縛中嗎？「蘇北大團結」，等佛教會改選完成，難道 就不會以我為對象嗎？臺北首剎善導寺，對我沒有一些誘惑力，我還是早點離開 吧！我與悟一是心心相印的，他是會知道的（子老與演培，當時都不明白）。不 過，我沒有損害他，正如以建立福嚴精舍名義，而割斷了與淨業林鹿野苑的關係 一樣。
我以書面向護法會辭職。子老知道我決心要退了，就不免躊躇，請誰（為住 持）來為他維持善導寺呢！他一再與我商量善導寺的未來人選。他提議福嚴精舍的三個人，我不能同意。最後我說：「要我提貢意見，那末南亭法師是最理想了 。不說別的，最近在整理佛教會的關係上，你們也非常的協力同心」。子老不以 為然，我說：「那末道安法師，這是趙炎老「恆惕」、鍾伯老（毅，都是護法會 的有力人士）所能贊同的」。他又不願意，我說：「那末演培吧」！我的話，其 實我是譏刺的。子老一心一意的，覺得演培在台灣，未免可惜而要送他去日本， 瞞著我而進行一切手續。可是，他竟然會（白費種種手續，而）將演培留下，繼 任善導寺住持。在子老的心目中，去日本聯絡佛教界反共，還是不及為他維護善 導寺的重要（我的住持名義，僅一年半，我是將善導寺交還護法會，我沒有交給 任何人。善導寺住持，演培是不適宜的。但父子之親，有時還不能過分勉強，何 況師生？有些事，說是沒有用的，要親身經歷一番，才會慢慢理會出來。可是這 麼一來，我對善導寺的關係，斷了而又未斷，斷得不徹底。因為在長老法師們看 來，印順交給演培，這還是印順力量的延續。無論是順的因緣，逆的因緣，一經 成為事實，就會影響下去而不易解脫，因緣就是這樣的。
在四十六年（五十二歲）國曆九月十五日，我正式離開了善導寺，心情大為 輕鬆。常時我以什麼理由而提出辭退呢！真正的問題，是不能說的，說了會有傷 和氣。我以「因新竹福嚴精舍及女眾佛學院，需經常指導修學，以致教務寺務， 兩難兼顧」為理由。但就是這些表面理由，又成了逆緣，而受到相當程度的困擾 。