善慧法幢，是西藏黃教中宗喀巴的大弟子克主傑（1385～1438）轉生的第四世（克主傑是第一世，二世梭囊卻朗1439～1504，三世善慧義成1505～1566），所以叫作第四世班禪。這一世才作紮什倫布寺的主持，大興紮什倫布寺，自此以後歷代班禪都成了紮什倫布寺的主人。「班禪」的名稱是從他開始的，但班禪額爾德尼的稱號，似乎是到第五世善慧智（1663～1737）五十一歲時（康熙五十二年，1713）康熙冊封以後才有的。
善慧法幢於明穆宗隆興四年（1570）生於後藏楞主賈，俗姓拔，父名策仁拔覺，母名措嘉，俗名卻賈拔桑薄。自幼在家常聽誦《文殊菩薩真實名經》。十三歲時（明神宗萬曆十年，1582），在聞寺依佛智大師出家，受沙彌戒，法名善慧法幢。
十四歲時（萬曆十一年，1583），被認為是善慧義成的轉世。自此以後，廣學經教，勤修定慧。年二十二歲（1591），在紮什倫布寺以正法增長為親教師，受比丘戒。此後數年間，先後往前藏朝禮大招寺釋迦佛等，在噶登寺從智自在和虛空幢等，受得時輪金剛大灌頂及時輪略續，大疏等的傳承。又從僧幢受《集密四疏合本》和僧海（第二世達賴）著述的傳承。又從尊勝吉祥賢聽受《五次第明燈論》的講授傳承。又從噶登墀巴正法祥然學習多種覺字的法門傳承。同時，他為許多學者講授多種教法，開展弘法事業。
二十三歲至三十歲，住後藏聞寺。應寺中諸大德的請求，宣講《菩提道次第略論》，這時他經常住在山裏，一面修持一面閱讀《現觀莊嚴論》、《寶性論》、《中觀論》、《寶鬘論》、《六十正理論》、《入中論》、《入菩薩行論》、《菩提道燈論》等許多重要典籍。
三十一歲（萬曆二十八年1600），春季到賽舉寺從佛海學曼殊金剛，紅黑兩種大威德，三派能怖威德等無上瑜伽部法、金剛界、吉祥頂等瑜伽部法，《毗盧遮那成佛》、《金剛手灌頂》等行部法，立三三昧耶、尊勝摧壞、大白傘蓋、光明天女等事部法，總有四部密法的三十多種灌頂及多種修法。
在賽舉寺從佛海受學密法以後，歸途又往布敦的霞爐寺朝禮聖跡，並到大樂輪寺弘宣佛法，傳授羅伊巴派的勝樂灌頂。夏季回聞寺安居。
這年秋天，紮什倫布寺殷誠請為該寺住持，十二月初三日，昇紮什倫布的法座。三十四歲（萬曆三十一年，1603），這時後藏非常混亂，他密往拉薩，為諸佛像穿金，祈願消除滅障。以後回聞寺。
這年秋天，四世達賴功德海（萬曆十七年、1589生於蒙古）經北路來藏。次年（1604）七月，善慧法幢仍回紮什倫布寺，閉關修時輪金剛承事法。
三十六歲（萬曆三十三年1605），春季到前藏，建設彩繪曼荼羅為達賴喇嘛傳授時輪金剛大灌頂。這年又應西藏南部諸寺的邀請，往各處弘法。夏天回紮什倫布寺安居。
萬曆三十五年（1607）六月，迎達賴喇嘛功德海蒞紮什倫布寺。
萬曆三十七年（1609）冬，應諸大德的請求，開講《集密經釋》，開啟金剛乘道，成立「密咒院」。
萬曆三十九年（1611），應哲蚌寺的邀請，到前藏為達賴喇嘛和色拉，哲蚌寺諸大格西傳授《金剛鬘論》中的大灌頂法。
萬曆四十一年（1613）春，應達賴喇嘛的請求，往拉薩主持傳大招法會，會後並為福善祥活佛和四十多位格西傳比丘戒。
萬曆四十二年（1614），在大招法會中為達賴喇嘛傳授比丘戒。
萬曆四十四年（1616）十二月，開始興建紮什倫布密咒院的大殿。達賴喇嘛功德海在十二月中入滅。
萬曆四十五年（1617），應色拉寺和哲蚌寺大眾的邀請，就任兩寺的住持。
萬曆四十六年（1618）春，受西藏西部古格（即阿裏地區）之請，到那裏弘法四個月。九月，從古格起錫，十一月返抵紮什倫布寺。
天啟二年（1622），第五世達賴在哲蚌寺升座，班禪為落發，法名善慧海。以後在天啟四年（1624），為他傳授沙彌戒和長壽灌頂。
天啟三年（1623），止貢派和帕主派互相爭鬥，他從中調解。並將大招寺中的觀音殿重修一新。
天啟六年（1626），噶登寺大眾邀請他們任絳則法王。於三月初一日到噶登寺升座講法。
崇禎元年（1628）春，到拉薩主持大召寺法會，又到噶登寺講經，夏季回紮什倫布寺安居。
崇禎二年（1629），又到拉薩主持大招寺法會。會後到噶登寺，修建宗喀巴大師塔殿的金瓦頂。同時也修建絳則殿上的金頂。七月回紮什倫布寺。
崇禎四年（1631）三月至十月，書寫大藏經全部。以後應前藏諸大德的邀請，到拉薩傳授金剛鬘大灌頂等，並傳比丘戒。
崇禎五年（1632）春，主持大昭寺法會，宣講《本生論》，會後又在哲蚌寺給五世達賴喇嘛等傳授時輪大灌頂等法。
崇禎八年（1635），開始用純金書寫藏經全部。崇禎十年（1637）十月到拉薩，次年四月，給達賴喇嘛傳比丘戒。
崇禎十二年（1639）秋，蒙王賽欽法王等到藏請蒞拉薩，傳授大威德灌頂和文殊法類，修法海等許多隨許法。又傳授達賴喇嘛《無垢光大疏》（《時輪經》的大疏）等經論傳承。
崇禎十五年（1642），接受霞爐寺的請求，升霞爐法座。夏季仍回紮什倫布寺安居。
清順治元年（1644）十月，清帝派使臣來藏修福，供養達賴、班禪財施甚多。十一月中培修霞爐寺布敦所建石塔。
順治二年（1645），修建聞寺的大殿。四月，又寫金字大藏經全部。並塑諸護法神像。以後歷年到各地弘法、修福。
順治四年（1647）秋，清順治帝差官贈送珠寶綢緞甚多，師都用以莊嚴三寶。
順治九年（1652）三月，達賴喇嘛臨赴京時，善慧法幢到那迦瑪送行，又傳修《菩提心教授》等多種教法。這時他已八十三歲了，返紮什倫布寺後，雖仍時常講經說法，作供養法事，但不常出外。
明末清初之際，西藏地方派系之間多次發生戰爭。例如：後藏在萬曆三十一年（1603）時，迦瑪彭措曩賈父子和紅帽語自在法稱，嫉視黃教，到了萬曆三十三年（1605），迦瑪彭措派兵到前藏，拆毀吉穴碉堡，殺害許多藏官，前後藏都很混亂。
1610年迦瑪彭措曩賈又派兵佔據亞覺。1612年，又佔領後藏各要寨，遂稱藏王。後在1618年又領兵到前藏，驅走蒙古兵，毀壞色拉、哲蚌兩寺，驅逐僧眾，並在拉薩和哲蚌寺的後山，殺害一千多人。這是黃教寺院遭迦瑪派摧毀的一大劫難。
光宗泰定元年（1620）秋，蒙古大軍重返西藏，將和後藏軍隊大戰，這時地方政府勸請善慧法幢為調停和解。他雖到絨薄覺（地名）進行說和，但未得結果。暫到哲蚌寺居住，並廣行救濟。
熹宗天啟元年（1621）七月，藏軍屯集在絳塘崗，蒙古馬軍突然撲來，殺了幾百人。師聞說匆忙趕來調解，結果藏蒙兩方都以拉薩為共同供養處，由於師的盛名感召，兩方立誓不在大招寺金頂光輝照臨處打仗。這時，迦瑪派奪占的黃教寺廟產業，也都紛紛退還寺主。
崇禎十四年（1614），蒙古亂徒劫掠措朴牛群，並侵犯止貢地界，又引起戰爭，師不顧身命危險又往調解，獲得和解，救護了許多人生命。
1640年，固始汗法王差人迎請師到拉薩，以便謁見。當時藏王（後藏王迦瑪敦回旺薄即迦瑪彭措曩賈之子，也極力勸行。於是在四月十八日由紮什倫布起身。這時地方混亂。輾轉被蒙軍百餘騎迎到蒙古兵營中，會見固始汗。固始汗表示七年決不退兵，並請師速往前藏。師遂經北路到拉薩，並到哲蚌寺給達賴喇嘛傳授灌頂等法。
順治十四年（1657），對於蒙古軍和康巴達貢等爭執，加以調解，使雙方拘禁的大德等二百多人都得自由釋放，地方也得以平息。
清康熙元年（1662）二月十三日，大師示寂於紮什倫布寺，壽九師的學問修證，都極高深，所有著述都是發揮經論深義利益時機的言教，現存四函，可分如下七類：
- 傳紀類十五種；
- 上師瑜伽類四種；
- 顯密教授類十八種；
- 密法類三十五種；
- 最密法類十種；
- 密法附傳類十五種；
- 雜法類八種。