智旭，字蕅益，俗姓鍾，江蘇吳縣木瀆鎮人。十二歲讀儒書，辟釋老。十七歲閱袾宏《自知錄》及《竹窗隨筆》，始不謗佛。二十三歲聽講《楞嚴經》，懷疑何故有「大覺」，何以生起虛空和世界，決意出家體究此一問題。二十四歲三次夢見德清，當時德清住在曹溪，路遠不能往，因從德清的弟子雪嶺剃度，命名智旭。此年夏秋在雲棲寺聽講《成唯識論》，聞性相二宗不許和會，甚以為疑，因往徑山（杭州西北）坐禪，至次年夏，自覺性相二宗的義理一齊透徹。臘月八日，在袾宏塔前受四分戒。二十六歲又在袾宏塔前受菩薩戒。二十七歲起，遍閱律藏，見當時禪宗流弊，決意弘律。三十二歲開始研究天臺教理。三十三歲秋始入靈峰（浙江孝豐縣東南十五裏），造西湖寺。此後歷遊江浙閩皖諸省，均不斷從事閱藏、講述和著作。五十歲冬，自金陵歸靈峰，仍繼續著述。清順治十二年（1655）正月示寂，壽五十七歲。兩年後，門弟子將其遺體火化，起塔於靈峰大殿右。
智旭生平的著述，經其弟子成時編次，分為宗論和釋論兩類。宗論即《靈峰宗論》，共十卷；釋論包含釋經論和宗經論及其他著述共六十餘種一百六十四卷。
智旭的學說，綜合禪教律而會歸淨土，同時又融會儒釋，是多面性的。
智旭的禪，是承延壽、梵琦、真可的文字禪。他參禪的最初動機，是由聽《楞嚴經》和《成唯識論》，於性相二宗教理不能融會而起疑。後來他教人參究，也只是「究此警起一念，起處無從，全依真性。然真非妄因，何因起妄？真非有外，妄豈外來？展轉簡責」，以為銀牆鐵壁話頭（《宗論》五之二）。這只是尋求性相會通的推理而已。他常自述學禪經過，力戒「墮禪病」和「誤中宗門惡毒」；痛斥狂禪暗證，以為「獨自遠行不問路程，必定有誤」（《宗論》四之三）。主張「教內自有真傳」（《宗論》六之二），自稱「但從龍樹通消息，不向黃梅覓破衣。」（《宗論》九之二）。所以他修的禪，後來就會歸於天臺教觀了。
智旭於三十二歲注《梵網經》，才開始研究天臺教義。他於宋人極推崇知禮的《妙宗鈔》，以為不可更動一字。於明人唯稱許傳燈的《生無生論》。他的天臺宗的學說，即是繼承這兩人的系統的。但他也有與兩人不同的見解。關於教判，智旭安立了貫通前後的五時說，修正了《四教儀備釋》「阿含十二（年）方等八（年）」等說法（《教觀綱宗》通判五時論）。在化儀四教的秘密教中，他區分秘密教與秘密咒，將一切陀羅尼章句收於秘密咒下，這也與台宗舊有教判不同。關於教理，他主張性具善惡與色心雙具理事兩重三千，與山家的主張完全相同。雖然他有時也說「眾生現前介爾心性，本無實我實法，亦無五位百法百界千如差別相」，略近山外「理具三千無相」的主張，但不是他的主要思想。關於觀法，他也沿用山家的妄心觀，以現前一念妄心為止觀的直接物件，但更注重實際應用。他與傳燈僅曾見過一面，並沒有從傳燈學教。傳燈繼承善月、真覺的主張，判《楞嚴》屬於方等，又批判華嚴宗和禪宗，智旭都不同意，以為台宗應遍攝禪、律、法相，否則就不能成其絕待之妙了。（《宗論》二之五）。他常以《起信論》解釋天台宗旨，又用唯識解《起信論》，乃至用唯識解天臺教義。在智旭的時代，唯識宗的註疏是很貧乏的。他所根據的有關唯識的著述，主要是《宗鏡錄》。此錄即是會通天臺、賢首、慈恩諸宗的，智旭繼承了這種思想，也說「馬鳴、龍樹、護法同契佛心」（《起信論裂網疏》自跋）。他雖深究台宗，但因不滿台宗末流的門戶之爭，所以一再聲明自己「究心台部不肯為台家子孫」，「私淑台宗，不敢冒認法脈」。
智旭為糾正宗門流弊，決意宏律，曾遍閱律藏三次，致力於大小乘律藏的疏釋和講說。他著《梵網經疏》依據台宗見解，對於別解脫戒直宗《四分律》，旁採諸家，並參考大乘律。至於主要的著作則為《毗尼事義集要》。在律學這一方面，他可稱為元照以後的唯一大家。但他對於戒律重視實踐，當時回應的人很少，他為此事非常痛心，在文字裏常流露他的悲觀失望。
智旭的禪教律學，後來都指歸淨土。一般淨土宗徒，都以為智旭是袾宏的繼承者。但智旭平時推崇袾宏的卻偏重在戒律，而不在淨土，只以淨土攝一切佛教，以《阿彌陀經》為中心教典而重視持名，又主張禪淨合一，這些都與袾宏一致而已。智旭所認為淨土的要典，都收在《淨土十要》內，但其中並沒有收袾宏的著作，而特別推崇的卻是傳燈的《生無生論》和袁弘道的《西方合論》。
智旭的淨土思想，曾經過幾個時期的演變。他二十二歲喪父，聞地藏本願而發心念佛。這是結合儒家思想為報父母恩而念佛，只是單純的持名。二十八歲喪母閉關，以參禪工夫求生淨土，說「禪者欲生西方，不必改為念佛。但具信願，參禪即淨土行」（《宗論》四之三）則又偏重於理持。三十歲至四十歲，他多疏釋律部，結壇懺願，以「生宏律範，死歸安養」自矢。後十年中，他多疏釋經論，融通性相諸宗教理，於四十九歲著《彌陀要解》，始形成最後的淨土思想體系。
智旭於淨土三經中主要所宗的是《阿彌陀經》；所以他關於淨土教理的主要著作，也就是《彌陀要解》。此書先依天臺宗五重玄義方式，說明此經以能說所說人為名，實相為體，信願持名為宗，往生不退為用，大乘菩薩藏無問自說為教相。又以《阿彌陀經》總攝一切佛教，以信願行總攝《阿彌陀經》一經宗旨。在智旭以前，宋代遵式作《往生淨土決疑行願二門》，已包含了信願行。傳燈《生無生論》更正式提出「一念之道有三，曰信、曰行、曰願。」智旭所立信願行，即是繼承他們的主張，而加以更深細的闡發。《要解》將信的內容分為：信自（一念回心決定得生，自心本具極樂），信他（彌陀決無虛願，釋迦及六方佛決無誑語），信因（散亂稱名猶為佛種，一心不亂寧不往生），信果（淨土諸上善人皆由念佛得生，如影隨形決無虛棄），信事（實有極樂國土，不同莊生寓言），信理（西方依正，不出現前一念心外）。願的內容是「厭離娑婆，欣求極樂」。行的內容是「執持名號，一心不亂。六字持名，念念欣厭具足，信決願切，由此就能歷九品生，淨四種土」。他主張「即以執持名號為正行，不必更涉參究」。「參禪必不可無淨土，淨土必不可夾禪機」。所以他所宏的是偏重持名的淨土教。
但智旭又將持名分為「事持」與「理持」，說「事持者，信有西方阿彌陀佛，未達是心作佛，是心是佛，但以決志願求生故，如子憶母無時暫忘；理持者，信西方阿彌陀佛是我心具心造，即以自心所具所造洪名為繫心之境，令不暫忘。」理持就是唯心淨土的教義。因此，智旭所說的念佛，有廣狹二義：狹義唯指持名，廣義即含攝一切佛教。他說念佛三昧有三種：一、念他佛，以彌陀果德莊嚴為所念境，或念名號，或念相好，或念功德，或觀正報，或觀依報，如東林諸上善人；二、念自佛，觀此現前一念介爾之心，具足百界千如，與三世佛平等，功深力到，豁破無明，如南嶽、天臺、禪宗諸祖；三、自他俱念，了知心佛眾生三無差別，托彼果上依正，顯我自心理智，感應道交自然不隔，如永明（延壽）、楚石（梵琦）（《宗論》七之四）。於此他最推重的是禪教合一攝歸淨土的延壽和梵琦。智旭最後的淨土思想，是將禪宗的參究歸納於天臺教觀，又以天臺教觀應用於念佛法門；他作念佛即禪觀論，說「究此現前一念心性名為參禪，達此現前一念心性名為止觀，思維憶持現前一念心性名為念佛。」（《宗論》五之三）。天臺既圓攝一切佛教，念佛也就圓攝一切佛教，持名一法就能統攝一切宗、教、事、理，故智旭晚年的持名是「以般若為導，以淨土為歸」，「以悟道為先鋒，念佛為後勁」，悟後起修的持名，與袾宏所說「無智稱念」有別。
智旭目睹當時佛教中門戶分歧的流弊，所以發揚延壽、袾宏等的思想，力求佛教諸宗的調和。他在理論上融會性相，在實踐上調和禪淨，而主張禪教律三學統一。他說「禪者佛心，教者佛語，律者佛行……不於心外別覓禪教律，又豈於禪教律外別覓自心，如此則終日參禪，看教、學律，皆與大事大心正法眼藏相應於一念間。」（《宗論》二之三）三學攝歸一念，以念佛總攝釋迦一代時教，為智旭思想一大總結。清以後臺家講教大多依據他的經論經疏，形成了合教、觀、律歸入淨土的靈峰派，一直延續到今。後人並奉他為淨土宗第九祖。
智旭受儒家思想影響處甚多，自稱「身為釋子，喜研孔顏心法示人。」他由於讀了袾宏的《自知錄》始不辟佛，《自知錄》就是綜合儒佛的著作。對於儒佛的異同，智旭以為約跡約權而說是不同的，儒家所說「天命之謂性」「太極生兩儀」等都是「非因計因」的見論；約實約本來說，儒家的聖人都是菩薩化現，方便說法（《宗論》六之二）。他說「儒禪教律無非楊葉與空拳。」又說「以禪入儒，是為誘儒知禪。」所以他說儒釋一致，事實上是一種化導方便，並不是真將儒釋等量齊觀的。