慧苑，唐代京兆（現今陝西省西安市）人，少年出家，禮法藏為師，深通經義，尤精於《華嚴》，為同門的上首。法藏在八十卷本《華嚴經》譯成後曾作《略疏》，才寫了四分之一就去世了，慧苑和同門宗一分別續寫，宗一續滿二十卷，其文現已逸失；慧苑所續名為《續華嚴經略疏刊定記》。據他在《記》中說，此書是他「鳩集廣略之文，會撮舊新之說；再勘梵本，仇校異同；順宗和教，存之以折衷，簡言通義，箋之以筆削」而成的。但《記》中所說，往往和法藏的宗旨大異其趣。其中主要是改五教為四教、改十玄為十種德相和十種業用的兩重十玄，因此後來正統的華嚴宗人都以他為異系。慧苑還博覽經書，考核詁訓，寫成《新譯大方廣佛華嚴經音義》二卷，以便初學。他在此書的《自序》中，說到他從法藏受業十九年，曾住長安靜法寺和洛陽佛授記寺，生卒年月不詳。

慧苑著述的《續華嚴經略疏刊定記》一書，現存不足十三卷，原書卷數已不詳了。此外有改訂法藏所著《華嚴經傳記》而成的《纂靈記》五卷，屢見澄觀的著述所引用；《刊定記》還說他有《華嚴旋章》一書，現已無考。

慧苑的學說和華嚴宗的傳統說法分歧最大的是他的判教說。他在《刊定記》卷一的「立教差別」中，批判了古來菩提留支等十九家的教判說，其中就包括了法藏（稱之為古德）的小、始、終、頓、圓的五教說，認為五教說是受了天臺宗「化法四教」的影響而作，在藏（改作小乘教）、通（改作大乘始教）、別（改作終教）、圓（仍舊）的基礎上，只加了一個頓教。又以法藏所立的頓教是用離言說相以顯法性的，不應作為能詮的教相，能所不應混為一談。故另依《究竟一乘寶性論》卷四立迷真異執（相當於人天教）、真一分半（相當於聲聞、辟支佛）、真一分滿（相當於初心菩薩）、真具分滿（相當於如來藏）四教，並就後三教各立通宗、別宗、隨部宗、隨義宗四宗，把全部佛教教義概括在「四教」之中，廢除了華嚴宗傳統的「五教」說。智儼、法藏兩代相承的十玄緣起說，到了慧苑，也改作十種德相和十種業用兩重。十種德相是：一同時具足相應德、二相即德、三相在德、四隱顯德、五主伴德、六同體成即德、七具足無盡德、八純雜德、九微細德、十如因陀羅網德。十種業用是：一同時具足相應用、二相即用、三相在用、四相入用、五相作用、六純雜用、七隱顯用、八主伴用、九微細用、十如因陀羅網用。澄觀在《華嚴經疏鈔》卷三、卷十中對慧苑的兩重十玄說有詳盡的批判，說他「析十玄之妙旨分成兩重，徒益繁多，別無異轍」；又說「德相、業用雖異，不妨同一十玄，無不該攝」。

慧苑所有違反傳統學說的觀點，受到後來推崇賢首的華嚴教徒的排斥，因而他所遺留的著述，未為後世佛教學人所重視。