林序
臣聞通天地人曰儒，通天地不通人曰技，斯醫者雖曰方技，其實儒者之事乎。班固序《藝文志》，稱儒者助人君，順陰陽，明教化，此亦通天地人之理也。又云︰方技者，論病以及國，原診以知政。非能通三才之奧，安能及國之政哉。晉‧皇甫謐博綜典籍百家之言，沉靜寡欲，有高尚之志。得風痺，因而學醫，習覽經方，前臻至妙。取黃帝《素問》、《針經》、《明堂》三部之書，撰為《針灸經》十二卷，歷古儒者之不能及也。或曰︰《素問》、《針經》、《明堂》三部之書，非黃帝書，似出於戰國。曰︰人生天地之間，八尺之軀，臟之堅脆，之乎。非大聖上智，孰能知之，戰國之人何與焉。大哉﹗《黃帝內經》十八卷，《針經》三卷傳，學之者鮮矣。唐‧甄權但修《明堂圖》，孫思邈從而和之，其餘篇第亦不能盡言之。國家詔儒臣校正醫書，今取《素問》、《九墟》、《靈樞》、《太素經》、《千金方》及《翼》、《外台秘要》諸家善書校對玉成，繕寫將備親覽。恭惟主上聖哲衣冠文物，光輝上下，孝慈仁德，蒙被化之一端云。
國子博士臣高保衡尚書屯田郎中臣孫奇光祿卿直秘閣臣林億等上
皇甫謐序
夫醫道所興，其來久矣。上古神農始嘗草木而知百藥。黃帝咨訪岐伯、伯高、少俞之徒，內考五臟六腑，外綜經絡血氣色候，參之天地，驗之人物，本性命，窮神極變，而針道生焉。其論至妙，雷公受業傳之於後。伊尹以亞聖之才，撰用《神農本草》以為湯液。
中古名醫有俞跗、醫緩、扁鵲，秦有醫和，漢有倉公。其論皆經理識本，非徒診病而已。漢有華佗、張仲景。其它奇方異治，施世者多，亦不能盡記其本末。若知直祭酒劉季琰病發於畏惡，治之而瘥，云︰後九年季琰病應發，發當有感，仍本於畏惡，病動必死，終如其言。仲景見侍中王仲宣時年二十餘，謂曰︰君有病，四十當眉落，眉落半年而死，令服五石湯可免。仲宣嫌其言忤，受湯而勿服。居三日，見仲宣謂曰︰服湯否？仲宣曰︰已服。仲景曰：色候固非服湯之診，君何輕命也！仲宣猶不信。後二十年果眉落，後一百八十七日而死，終如其言。此二事雖扁鵲、倉公無以加也。華佗性惡矜技，終以戮死。仲景論廣伊尹湯液為數十卷，用之多驗。近代太醫令王叔和撰次仲景，選論甚精，指事可施用。按︰《七略‧藝文志》，《黃帝內經》十八卷。今有《針經》九卷，《素問》九卷，二九十八卷，即《內經》也。亦有所亡失，其論遐遠，然稱述多而切事少，有不編次。比按倉公傳，其學皆出於《素問》，論病精微。《九卷》是原本經脈，其義深奧，不易覺也。又有《明堂孔穴針灸治要》，皆黃帝岐伯選事也。三部同歸，文多重複，錯互非一。甘露中，吾病風加苦聾，百日方治，要皆淺近，乃撰集三部，使事類相從，刪其浮辭，除其重複，論其精要，至為十二卷。《易》曰︰觀其所聚，而天地之情事見矣。況物理乎？事類相從，聚之義也。夫受先人之體，有八尺之軀，而不知醫事，此所謂游魂耳。若不精通於醫道，雖有忠孝之心，仁慈之性，君父危困，赤子塗地，無以濟之，此固聖賢所以精思極論盡其理也。由此言之，焉可忽乎？其本論其文有理，雖不切於近事，不甚刪也。若必精要，俟其閑暇，當撰核以為教經云爾。
序例
諸問，黃帝及雷公皆曰問。其對也，黃帝曰答，岐伯之徒皆曰對。上章問及對已有名字者，則下章但言問言對，亦不更說名字也。若人異則重複更名字。此則其例也。諸言主之者可灸可刺，其言刺之者不可灸，言灸之者不可刺，亦其例也。
晉‧玄晏先生皇甫謐士安集
朝散大夫守光祿直秘閣判登聞檢院上護軍臣林億
朝奉郎守尚書屯田郎中同校正醫書上騎都尉賜緋魚袋臣孫奇
朝奉郎守國子博士同校正醫書上騎都尉賜緋魚袋臣高保衡
精神五臟論第一
黃帝問曰︰凡刺之法，必先本於神。血脈營氣精神，此五臟之所藏也。何謂德、氣、生、精、神、魂、魄、心、意、志、思、智、慮，請問其故？岐伯對曰︰天之在我者德也，地之在我者氣也，德流氣薄而生也。故生之來謂之精，兩精相搏謂之神，隨神往來謂之魂，並精出入謂之魄，可以任物謂之心，心有所憶謂之意，意有所存謂之志，因志存變謂之思，因思遠慕謂之慮，因慮處物謂之智。故智以養生也，必順四時而適寒暑，和喜怒而安居處，節陰陽而調剛柔；如是則邪僻不生，長生久視。是故怵惕思慮者則神傷，神傷則恐懼流淫而不正；因悲哀動中者，則竭絕而失生；喜樂者，神憚散而不藏；愁憂者，氣閉塞而不行；盛怒者，迷惑而不治；恐懼者，蕩憚而不收（《太素》不收作失守）。
《素問》曰︰怒則氣逆，甚則嘔血，及食而氣逆，故氣上。喜則氣和志達，營衛通利，故氣緩。悲則心系急，肺布葉舉，兩焦不通，營衛不散，熱氣在中，故氣消。恐則神卻，卻則上焦閉，閉則氣還，還則下焦脹，故氣不行。熱則腠理開，營衛通，汗大泄，驚則心無所倚，神無所歸，慮無所定，故氣亂。勞則喘且汗出，內外皆越，故氣耗。思則心有所傷，神有所止，氣流而不行，故氣結。（以上言九氣，其義小異大同。）肝藏血，血舍魂；在氣為語，在液為淚。肝氣虛則恐，實則怒。《素問》曰︰人臥血歸於肝，肝受血而能視，足受血而能步，掌受血而能握，指受血而能攝。
心藏脈，脈舍神；在氣為吞，在液為汗。心氣虛則悲憂，實則笑不休。脾藏營，營舍意；在氣為噫，在液為涎。脾氣虛則四肢不用，五臟不安；實則腹脹，涇溲不利。（噫音作噯。）
肺藏氣，氣舍魄；在氣為咳，在液為涕。肺氣虛則鼻息不利少氣，實則喘喝胸憑（《九墟》作盈）仰息。腎藏精，精舍氣；在氣為欠，在液為唾。腎氣虛則厥，實則脹，五臟不安。必審察五臟之病形，以知其氣之虛實而謹調之。
肝氣悲哀動中則傷魂，魂傷則狂妄，其精不守（一本作不精，不精則不正當）。令人陰縮而筋攣，兩脅肋骨不舉，毛悴色夭，死於秋。《素問》曰︰肝在聲為呼，在變動為握，在志為怒，怒傷肝。《九卷》及《素問》又曰︰精氣並於肝則憂。解曰︰肝虛則恐，實則怒，怒而不已，亦生憂矣。肝之與腎，脾之與肺，互相成也。脾者土也，四臟皆受成焉。故恐發於肝而成於腎；愛發於脾，而成於肝。肝合膽，膽者中精之府也。
腎藏精，故恐同其怒，怒同其恐，一過其節，則二臟俱傷，經言若錯，其歸一也。
心，怵惕思慮則傷神，神傷則恐懼自失，破 （音窘）脫肉，毛悴色夭，死於冬。《素問》曰︰心在聲為笑，在變動為憂，在志為喜，喜傷心。《九卷》及《素問》又曰︰精氣並於心則喜，或言︰心與肺脾二經有錯，何謂也？解曰︰心虛則悲，悲則憂；心實則笑，笑則喜。心之與肺，脾之與心，亦互相成也。故喜發於心而成於肺，思發於脾而成於心，一過其節，則二臟俱傷。此經互言其義耳，非有錯也。（又楊上善云︰心之憂在心變動，肺之憂在肺之志。是則肺主於秋，憂為正也；心主於憂，變而生憂也）
脾，愁憂不解則傷意，意傷則悶亂，四肢不舉，毛悴色夭，死於春。《素問》曰︰脾在聲為歌，在變動為噦，在志為思，思傷脾。《九卷》及《素問》又曰︰精氣並於脾則飢（一作畏。）
肺喜樂，樂極則傷魄，魄傷則狂，狂者意不存，其人皮革焦，毛悴色夭，死於夏。《素問》曰︰肺在聲為哭，在變動為咳，在志為憂，憂傷肺。《九卷》及《素問》又曰︰精氣並於肺則悲。
腎，盛怒不止則傷志，志傷則喜忘其前言，腰脊不可俯仰，毛悴色夭，死於季夏。《素問》曰；腎在聲為呻，在變動為栗，在志為怒，怒傷腎。《九卷》及《素問》又曰︰精氣並於腎則恐，故恐懼而不改（一作解）則傷精，精傷則骨酸痿厥，精時自下。
是故五臟主藏精者也，不可傷；傷則失守陰虛，陰虛則無氣，無氣則死矣。是故用針者，觀察病患之態，以知精神魂魄之存亡得失之意。五者已傷，針不可以治也。