長期大量地使用氮肥特別是大量施用銨肥，銨離子進入土壤後在其硝化作用的過程中釋放出氫離子，使土壤逐漸酸化。銨離子能夠置換出土壤膠體微粒上起聯結作用的鈣離子，造成土壤顆粒分散，從而破壞了土壤糰粒結構，使土壤的物理化學特性發生了變化，導致土壤板結，肥力下降。同時，大量施用氮肥，給土壤引入了大量非主要營養成分或有毒物質，如硫銨中的硫酸根離子和氯銨中氯離子，它們對土壤微生物的正常活動有抑制或毒害作用。土壤酸化不僅破壞土壤性質，而且會促進土壤中一些有毒有害污染物的釋放遷移或使之毒性增強，使微生物和蚯蚓等土壤生物減少，還加速了土壤一些營養元素的流失。 現在農民普遍感到土壤板結了，莊稼難種了；人們普遍感到果不香、瓜不甜、菜無味。農作物品質嚴重下降，什麼原因呢？農業生產中的秸稈的功能有機物質被焚燒，農業生態系統的物質迴圈被人為中斷，農業生產的載體——土壤中的有機質含量極小，過量的化肥導致農業生產的生態要素品質下降，這就是癥結所在。