法琳，俗姓陳，原籍穎川。他的遠祖曾到襄陽做官，因之留寓該地。他生於陳宣帝太建四年（572），年少即出家，遊歷金陵、楚郢（江陵）各地，遍學內外典籍。隋開皇十四年（594），二十三歲，夏五月，隱居青溪山鬼谷洞（地在湖北遠安縣），精勤誦習，白晝鑽研佛經，夜間閱覽俗典，學業大進，曾撰有《青溪山記》，文詞婉麗，傳誦一時。仁壽元年（601），他三十歲，出山來遊隋京大興（即長安）。他想瞭解道教的真實情況，遂在義甯之初（617）著黃巾道服與道家交往，到唐武德年初（618），又還歸佛教，住濟法寺。武德四年（621）九月，太史令傅奕（原是返俗的道士），上廢佛法奏事十一條。唐高祖李淵徵詢沙門的意見，法琳這時據理回答，李淵無詞以對，傅奕之議因而不行。但是傅奕把他奏事的內容公開宣佈，因文中有禿丁、胡鬼等語，遂使社會上有鄙視歧視佛教僧徒的風氣。這時有總持寺的普應撰《破邪論》二卷，又居士李師政（曾任扶溝令）撰《內德論》和《正邪論》，都廣引佛教經論，破斥傅奕之說。但是法琳以為佛教經論本為傅奕攻擊的物件，縱然引用，豈能使其心服，於是自撰《破邪論》一卷（或作二卷），約八千多字，引據孔子老子推敬佛教等中國的古代傳說，用傅奕等本身所信的學說以破斥其謬見，此論出後，虞世南特為寫了一篇序文，風行一時。法琳為了要進一步轉移當時社會上的視聽，遂在武德五年（622）正月上書於皇太子，武德六年（623）五月二日又上書於秦王（唐太宗）備論傅奕之妄。武德九年（626）三月，唐高祖下詔沙汰寺僧；只京師留三寺千僧，其餘寺宇並賜王公，僧徒放還故鄉。但到六月三日，高祖退位，太宗大赦天下，佛教又恢復舊觀。本來武德初年有道士李仲卿、劉進喜等著《十異九迷論》和《顯正論》等論貶量佛教，法琳為了造論破斥著成《辯正論》八卷十二篇，東宮學士陳子良為之制序。貞觀元年（627）太宗捨太和宮為高祖立龍田寺，以法琳為寺主，又三年（629），波羅頗迦羅蜜多羅三藏來長安翻譯《寶星陀羅尼經》和《般若燈論》等經典，法琳都參加筆受，審定名義，並為《寶星陀羅尼》制《序》。貞觀七年（633）二月，有太子中舍人辛諝設《問難》二條以問紀國寺僧慧淨，慧淨著《析疑論》答之，並以此論送法琳閱覽，法琳因此又著《齊物論》。貞觀十一年（637）正月，唐太宗因為自姓李氏，欲推尊以老子李耳為始祖的道教，詔令道士女官的位次排在僧尼之前。當時僧眾推法琳上表抗爭，太宗不從。貞觀十三年（639）九月，有道士秦世英譖毀法琳，說他所著的《辯正論》，訕謗皇帝的祖宗，有罔上之罪。太宗大怒，又下詔沙汰僧尼，並逮捕法琳加以推問。到十月二十七日遣刑部尚書劉德威，禮部侍郎令狐德芬，侍御史韋悰，司空毛明素等推問，法琳辭氣不屈。至十一月十五日劉德威等以推檢狀況奏聞，太宗於是親自審問，當時問答有二百餘條。到二十日，太宗又下詔令法琳念觀音七天，屆期行刑，看有無靈感。到期又遣人詢問，法琳對答從容，太宗聞報歡喜，諭令免刑，又召法琳細問佛道優劣，法琳對答如理，太宗遂釋其罪，令徙益州為僧。法琳又著《悼屈原篇》以敘己志。貞觀十四年（640）六月初一日行至百宇關菩提寺，患疾，七月二十三日卒，年六十九。

法琳的著作，除《破邪論》、《辯正論》（現存）而外，據同時的沙門彥悰曾加以搜集，謂共有《詩賦》、《碑誌》、《讚頌》、《箴誡》、《記傳》、《啟論》、《三教系譜》、《釋老宗源》等合三十卷。又據道宣所述，另有《表》、《章》、《誄》、《大乘教法》等名目，共有三十餘卷。他的這部文集現已失傳，但是重要的文字大都引用在彥悰和道宣二人分別撰作的《法琳傳》中。在法琳當時，佛教和道教的鬥爭非常劇烈，法琳在此一鬥爭中，深入瞭解道教內幕，所以他的文字中保存不少有關道教的原始材料，而為現代研究道教史的重要依據。又因唐朝引老子李耳為祖先，法琳考查出唐代的祖先實出於元魏拓拔氏，這給後代研究隋唐氏族問題得到一個很好的啟發，所以近代有些史學家也找出旁證支援法琳的意見。