近年來，不少農民普遍施用氮肥以加速蔬菜生長；但專家提醒，一旦氮肥過量，又日照不足，則蔬菜所吸收氮肥的成分，將形成硝酸鹽，若長期食用恐有危害健康之虞。因此，營養學者呼籲行政院農業委員會，應輔導農民正確使用氮肥，以免消費者受害。

台灣大學園藝系教授鄭正勇指出，許多消費者都擔心蔬果殘存農藥的問題，其實還有一項隱藏己久的問題，那就是施用肥料是否過量。他強調，氮肥是目前農民使用最普遍的肥料之一，但是植物的根部吸收氮肥後，會轉化成自由形態的硝酸離子，並經過同化及光合作用而形成胺基酸，但如果氮肥施用過量或蔬菜過早採收，蔬菜的根、莖、葉都將充滿硝酸離子。

值得注意的是，硝酸離子一遇到口水中的消化酵素，即轉變為亞硝胺，這種化學成分已被醫界證實是致癌物，因此鄭正勇教授提醒民眾，正當衛生署鼓勵小朋友多吃蔬果之際，其實也要注意隱藏在蔬菜中所含硝酸鹽過量的問題。

鄭正勇教授曾多次以市售小白菜進行試驗，取一公分小白菜的莖部予以磨碎，再把汁液滴上測量硝酸離子濃度的試紙，沒多久即顯示出高於 500 ppm （百萬分之一）的紫色。他表示，雖然所有生物體都含有氮，且絕大多數食物也可能含有硝酸離子，但如果在體內蓄積太多，就會危害健康。

鄭正勇教授舉例，歐美曾發現有些嬰兒出現「藍嬰症」，問題就出在嬰兒食品來源中的菠菜含有過量的硝酸鹽。他說，硝酸鹽除可能經消化酵素轉化為亞硝胺之外，醫界證實，它還會阻礙紅血球攜氧功能，所以人體吸收過量就會感到疲累、體力下降。

一位不願具名的營養師表示，標榜乾淨、無污染的水耕蔬菜，整株蔬菜都在水中生長，並以模擬土壤養分的培養液，作為蔬菜生長的主要養分，而其中含量最多的肥料就是液態氮肥，蔬菜的莖葉中充滿硝酸鹽，因此，站在營養學的觀點，消費者食用水耕蔬菜其實只可偶一為之，切勿以此為主食。

鄭正勇教授強調，目前歐美先進國家如德國、荷蘭等，也開始注意到因氮肥施用過量而導致蔬果含硝酸鹽偏高的問題，並訂定蔬果檢測硝酸鹽濃度不得高於 1500 至 3000 ppm，但國內則尚未訂定規範。他認為，由於蔬菜含硝酸離子濃度隨著土壤是否過度施肥、各地的日照量不同，以及各種蔬菜的採收期不同，而出現不同的變化，最重要的防範之道，仍是農委會應輔導農民切勿施用過量氮肥，一來可節省成本，二來可保護消費者健康。

行政院農委會指出，政府對農民使用肥料的輔導措施，多半透過農會系統及各地特殊農作物的推廣班，指導農民施用肥料；至於氮肥過量所引起硝酸鹽的疑慮，根據日本所做的研究，至今尚無定論，但民眾選用蔬菜，最好以種類多樣化為主。

農委會農糧處一名官員指出，氮肥經植物吸收後形成硝酸鹽，是有學理上的根據，但人體吸收各種養分來源，在體內的轉化過程非常複雜，而且各地土壤中的有機成分也不相同，是否該限制農民氮肥的使用量，恐會引起爭議。至於水耕蔬菜，因至今還沒有一篇學術報告證實水耕蔬菜不利於人體健康，所以農委會對水耕蔬菜的態度仍是採自由放任政策。