窺基，是玄奘的高足弟子，俗姓尉遲，因其著述常題名基，或大乘基，後人稱為窺基，京兆長安人。他生長於以武功受封的貴族家庭裏；父親尉遲宗，唐左金吾將軍、松州都督，封江油縣開國公。窺基出身將門，少習儒經，善於屬文。九歲喪母，平時常感孤單，漸疏浮俗，早有出家志向。唐貞觀十九年（645），玄奘遊印歸來，回到長安，從事於傳譯事業，並很注意物色、培養傳法的人才。偶然在路上遇窺基，見其眉目秀朗，舉止大方，便有意度他為弟子，親自去和他的父親商量，得其允許。但因為窺基出身貴族，出家須經手續，直到貞觀二十二年（648）十七歲時，才正式捨家受度為玄奘弟子。先住弘福寺，同年十二月隨玄奘遷入大慈恩寺。高宗永徽五年（654），復有朝命度窺基為大僧，並應選學習五印語文，這時他年二十三歲。二年以後，即應詔參預譯經。從此，他一直跟著玄奘參加慈恩、西明、玉華等的譯場，隨從受業。麟德元年（664），玄奘在玉華宮譯場逝世，譯經事業中止。窺基重新回到大慈恩寺，專事撰述。以後曾有一段時間，在他的祖籍附近遊歷，沿途仍講經造疏，從事弘化。他還曾在五臺山造玉石文殊像，寫金字《般若經》。永淳元年（682）十一月十三日，窺基在慈恩寺翻經院圓寂，年五十一歲。十二月四日葬於樊村北渠，靠近玄奘塋隴。後於文宗太和三年（829）七月啟塔荼毗，遷入平原新塔。
窺基隨侍玄奘參加譯場，前後九年，據《開元釋教錄》記載，玄奘譯籍中標明窺基筆受的，有《成唯識論》十卷、《辨中邊論頌》一卷、《辨中邊論》三卷、《唯識二十論》一卷、《異部宗輪論》一卷、《阿毗達磨界身足論》三卷。其中特別值得注意的，是《成唯識論》的翻譯。這是一部解釋世親所造《唯識三十論》而屬於集注性質的論書，是中國傳譯瑜伽學一本十支中的主要一支。世親造《三十頌》時，沒有造釋就去世了，後經親勝、火辨等諸論師相繼作釋。玄奘在印度，將著名的十大家的注釋都搜集了回來。開始翻譯時，擬將十家注釋各別分譯。但不久，窺基就向玄奘建議：將十家的注釋糅合起來，成為一部，作出定解，以免後人無所適從。玄奘同意他的建議。窺基自己說這一部譯典是「商榷華梵，甄權重輕，陶甄諸義之差，有葉一師之制」。對於十家疏義，採取了護法的注釋為主，加以抉擇組織。這種糅譯的體裁是窺基獨創的，他在《唯識樞要序》裏說：「雖復本出五天，然彼無茲糅釋，直爾十師之別作，鳩集尤難，況更摭此幽文，誠為未有」。可見他對於本論的譯成，是有創造性的貢獻的。《唯識二十論》，原有後魏瞿曇般若流支和陳真諦的兩種譯本。窺基《唯識二十論述記自序》說：「今我和上三藏法師玄奘佼諸梵本，睹先再譯，知其不閑奧理，難具陳述……基受旨執筆……刪整增訛，綴補紕闕，既睹新本，方類世親」。這段話是他對於佛典新、舊譯本優劣的總評，也說明了新譯是從那些方面來校正舊譯的。
玄奘在譯經期間，每「黃昏二時講新經論」，「譯僚僧伍競造文疏，筆記玄章並行於世」；玄奘在印度所學的微言大義，就通過這種方式流傳。窺基隨侍受業，多聞第一，他又是當時造疏最多的一人，稱為百部疏主。他的註疏，很多是在玄奘親自指導之下寫成的，如《成唯識論述記自序》說：「凡茲纂敘，備受指麾」。《唯識二十論述記自序》說：「我師不以庸愚，命旌厥趣，隨翻受旨，編頭述記」。他在撰述中遇有疑難，隨時向玄奘請示，惜《二十論》疏尚未完成，玄奘就去世了。一部分著作是在玄奘去世後才著手寫的，如《雜集述記‧歸敬頌》說：「微言咸絕杳無依，隨昔所聞今述記」。這些述記，大體上包羅了玄奘學說的主要內容。
窺基的著作，共四十三種，計現存三十一種。其所註疏的經典，除《金剛般若》、《法華》、《彌陀》、《彌勒》、《勝鬘》等經外，其餘所釋諸經論本文，都用玄奘譯本。
窺基的著作，善於提綱挈領，建立體系，如《法苑義林章》七卷，把瑜伽一本十支和各宗不同的法義都歸納起來，抉擇貫通，細至一字之微，也有專章分析，如《法華為為章》把《法華經》中所有「為」字歸納起來，得出平聲「為」有九訓，去聲「為」有三訓，表現出他所提出的「示紀綱之旨，陳幽隱之宗」的特徵。他不但通達聲明，並且精熟因明，「大善三支，縱橫立破」，他的著述內也常常表現運用因明以立說的傾向。要瞭解玄奘的學說，現在所可依據的，最主要的就是窺基這些著作。
玄奘去印之前，曾在國內到洛陽、長安、成都等處參訪研求，對《攝論》、《雜心》、《成實》、《俱舍》都深有造詣，覺得好多問題還不能解決，才發願往印度求法，以極大的努力，窮佛學的底蘊。他回國以後所譯《般若》、《瑜伽》、《婆沙》、《俱舍》、《雜集》、《因明》等重要教典，包羅很廣。其學說要點折中於總賅三乘教學的《瑜伽師地論》，而以之貫通一切，這是依據部派佛教、大乘中觀學說的發展而得出來的結論。玄奘在印度就學於那爛陀寺戒賢三藏，對繼續發揚龍樹、提婆學說的無著、世親，及其後繼者陳那、護法之學，均親所稟受，回國以授門下，各有專弘。窺基組織師說，廣制諸疏，加以發揚，對於法相唯識之學，尤其精闢獨到。玄奘逝世後，學人多認窺基為玄奘的繼承者，講習取為準據，成為奘門的權威，為國內外同所景仰，後遂成為慈恩一宗。
玄奘在世時，中國佛學的瑜伽學說盛極一時，但在窺基以後，華嚴、天臺、禪宗漸次興盛。華嚴宗反對三時判教，天臺宗反對五種姓之說，禪宗不重文字、排遣名相，也立於相反的地位，法相唯識之學就逐漸消沈下去。再經過天寶以後的兵亂，唐武宗的滅法，窺基著作在其時就佚失了一部分。宋仁宗天聖初年（1023），內廷出所藏窺基著作十四種，四十三捲入藏刻版，《金藏》曾據以復刻，元代的《弘法藏》原由《金藏》留在燕都的遺版蛻化而成，所以《至元法寶勘同錄》上仍見著錄。明代刻藏以南方通行的《磧砂藏》為據，未及搜羅，因而散佚失傳，後人講習失所依據，此學遂終於寥落。
窺基一傳弟子慧沼，再傳智周，均能繼述闡揚。智周弟子有新羅智風、日本玄昉等，於第八世紀初並將窺基著述傳到日本，成為日本法相宗。十九世紀中葉，中國從日本搜羅得慈恩宗著作多種，次第刊行，重加整理和研究。